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日本的朝聖巡拜，最知名的就是四國遍路與西國33所，在日本藥師佛是非常普遍的信仰，有許多藥師佛寺院名聞遐邇相當靈驗，在1979年由一位日本學者下休場由晴發起，他將位於京都、大阪、兵庫、滋賀、和歌山、三重，共計七縣府四十九所寺院，供奉藥師如來的寺院，組成了西國四十九藥師靈場巡拜，祈求健康長壽心想事成病氣痊癒。

三千院是位在日本京都府大原的天台宗寺院，創建於西元1118年，山號魚山，本尊藥師如來、開基（創立者）為最澄。歷代天台座主輩出，別稱「三千院門跡」、「梶井門」，和青蓮院、妙法院並稱天台宗之三門跡寺院。寺內主尊木造阿彌陀如來像和兩側侍像均為國家級重要文化財產。寺院內古樹參天，青苔遍地，溪水潺潺，4月櫻花、5月杜鵑花、7月紫陽花、秋季紅葉，一年四季自然景致令人賞心悅目。

雲龍院位於京都府，是真言宗泉涌寺派の寺院，山号瑠璃山，本尊薬師如来，南北朝時代北朝後光厳天皇下令竹巌聖皐開山，応安5年（1372年）龍華院一同創建，後円融天皇、後小松天皇、称光天皇皇室在此皈依發展。

長安寺是聖德太子弟第，第三十一代用明天皇の第三皇子，領命前往丹波國大江山討罰惡鬼，雕刻了藥師如來像保佑戰勝，後將藥師如來雕刻供奉在長安寺，後來火災燒失，福知山初代城主杉原家次公將重建，長安寺被稱為「丹波の紅葉寺」，由重森完途作庭の「薬師三尊四十九燈の庭」。

神護寺是位在日本京都府京都市右京區的寺院，高野山真言宗遺跡本山。山號「高雄山」（たかおさん）。本尊藥師如來、開基（創立者）為和氣清麻呂。別稱「高雄神護寺」。空海曾在此舉行鎮護國家之修法、最澄也曾在此講解法華經，是日本佛教史上重要的寺院之一。

淨瑠璃寺日本京都府木津川市的真言律宗寺院，山號小田原山，本尊阿彌陀如來和藥師如來、開基（創立者）為義明上人。境內的淨土式庭園被指定為國之特別名勝。平安時代創建浄瑠璃寺，供奉九體阿彌陀如來，東有藥師佛，西有阿彌陀佛的花園，以池塘為中心，據說呈梵文A字形，代表著極樂世界。

用明天皇2年（587年）聖徳太子の弟，麻呂子親王開基，用明天皇命麻呂子親王前往降伏大江山之鬼，麻呂子親王使用了七佛藥師之法，後在此地建寺，將七佛藥師佛像安置在多禰寺供奉，作為寺院的本尊。

根據記載，善水寺傳承於奈良時代和銅年間（708年 - 715年），元明天皇国家鎮護の道場，當時被稱為和銅寺。平安時代最澄大師在此奉請藥師佛本尊祈禱下雨，大雨後甲賀的木頭流到琵琶湖罪案的比叡山下，用此木頭建立了比叡山。之後，京都桓武天皇生病，大師靈佛出現在善水寺池水前祈禱病氣痊癒，醫王善逝修密法七日，將靈水獻給天皇，天皇的病就好了，這就是岩根山善水寺的稱號由來。

根據寺院記載，應山西明寺於平安時代初期承和元年（834年）某一天，三修上人（慈勝上人）在琵琶湖西岸散步，他看見琵琶湖東方出現紫雲，紫雲放出的光芒照射到池塘，出現了藥師如來的雕像，仁明天皇聽聞此事便在此地建造了寺院，作為寺院藥師如來發光的光芒照耀了明仁天皇京都的宮中，所以稱為西明寺。

桑實寺位於滋賀縣近江的天台宗寺院，本尊藥師如來，開山祖師定惠，別名桑峰藥師，寺院記載，天智天皇の四女阿閉，皇女（元明天皇）祈求生病可以康復，琵琶湖薬師如来降臨之後，阿閉皇女的生病好轉治癒，於是天智天皇下令，請藤原鎌足的長男定恵，於白鳳6年（677年）創建寺院，寺是名定恵在唐朝留學的時候，拿著蠶蛹回到自家農地栽培，是日本最初養蠶的由來。

水觀寺原為三井寺五別所之一，本尊藥師如來，在1040年，三跡の一人・小野道風の孫・明尊大僧正所創建，豐臣秀吉時期一度廢寺，後來豐臣秀吉亡後藥師堂在興，現在移動到本地，建築物為明暦元年（1655）建立。

石藥師寺位於日本三重縣鈴鹿市石薬師町，真言宗東寺派寺院，神亀3年（726年）僧人泰澄見到當地巨石，感覺到藥師如來的示現，於是建立草庵供養藥師如來，弘仁3年（812年）空海大師將巨石雕刻開眼睛，嵯峨天皇（在位809～823年）知道這件事情後，就下令建立莊嚴的寺廟，天正年間（1573～1592年）因戰亂燒毀，寛永6年（1629年）神戸城城主，一柳監物諸堂宇再建。

神宮寺位於日本三重縣多氣町，是言宗山階派的寺院，山號丹生山，全稱「女人高野山丹生山神宮寺成就院」，通稱丹生大師，神宮寺是由弘法大師的師匠勤操大在寶龜五年（774）開山，弘仁四年（813）弘法大師七堂伽藍建立。

位於日本三重縣的四天王寺，是曹洞宗的主山。與大阪的四天王寺一樣，據說是聖德太子所建，歷史悠久。近江的築城名人藤堂高虎管理期間改建，1615年高虎的兒子高次，捐贈土地並信奉寺院。

菩提寺是位在日本兵庫縣三田市的寺院，真言宗花山院派大本山。山號「東光山」，本尊藥師瑠璃光如來、開基（創立者）為法道。花山法皇晩年約14年間的隱居之地，法皇駕崩後，作為法皇的菩提寺而被稱為「花山院菩提寺」，別稱「花山院」。

道智上人發心救度眾生遊歷各國，於養老元年來到城崎國，受當代鎮守神明託夢修法1000日，之後泉水湧出 (現為曼陀羅湯) 在養老4年（720年）開創城崎溫泉，，道智上人在奈良獲得了與長谷寺觀音相同作品的尊貴觀音像，道智上人在天平10年（738年）建立溫泉寺。

這座寺廟相傳是行基菩薩開的，據信該教派是天台宗或真言宗，據寺傳記載，戰國時期，塔信寺是一座盛大的寺院，供奉僧侶和山地佛教教派。織田信長在丹波定居時，他命令明智光秀攻打丹波笹山城和保月城，據說達身寺幫助了保月城，導致達身寺比保月城更早被燒毀。在寺廟被燒毀之前，僧侶們將佛像帶到了附近的山谷，佛像被遺留了多年。元祿八年（1695年），這個村子發生瘟疫，死了很多人。當時的村民請算命先生說起緣由，他說：“犯三寶是佛陀的刑罰。” 相傳村民們將登山後無人看管的佛像收集起來，將受損的塔信堂移至現址，修復後供奉佛像。

四天王寺是593年由聖德太子所建立的日本佛教最早的寺院，因此它也是日本最古老的官家寺院。它不僅僅作為佛界守護、鎮護國家的寺院而成為政治外交的中樞，而且還是美術工藝產業等日本文化的發源地。以後將中門、五重塔、金堂、講堂等呈一條直線排列、外部則由迴廊環繞的建築模式稱為“四天王寺式”，其模式來源應為中國和朝鮮半島。

久安寺是神亀２年（725）行基菩薩開創，曾經是近衛天皇御用寺院，豐臣秀吉也曾來久安寺參拜，天長年間（824～834）弘法大師也曾在此處駐留，也是真言宗密教道場「安養院」前身，江戸時代歌人平間長雅長住在此推廣觀音信仰，法燈之護持。

般若寺於飛鳥時代高句麗の慧灌法師所創立，天平７年（７３５年）遷都奈良時，聖武天皇在平城京の鬼門建了一座『大般若經』塔而得名，在平安時代，它聚集了千名學者，成為了一座學術寺廟。治承４年（１１８０年）平家の軍勢平重衡大将進攻南都造成寺院燒毀，鎌倉時代真言律宗宗祖 ，興正菩薩叡尊観良房良恵，將廢墟重建寺院及十三重石寶塔，此後，般若寺經歷了室町戰國時代的火災、江戶的重建、明治時代的廢佛、僧人的興衰，日本文學「太平記」「宮本武蔵」歴史文学舞台讓世人所知。